トッポはインテリアデザインについても共用化が進められていて、インパネ回りはeKワゴンのものを流用している。センターメーターの配置やインストセンター部分の造形などは完全にeKワゴンのものだ。
逆にルーフライニングやドアトリムなどについてはトッポ専用のオリジナルデザインが採用されている。カップホルダーを組み込んだフロントシートなどもトッポ専用の設定である。
eKワゴンに比べて130mmも高い1680mmの全高を持つため、室内空間はいかにも広々としている。広がったのは実際には使わない頭上空間の部分なのだが、ここに余裕があることで室内が広く感じられる。ゆとりのヘッドクリアランスと広いガラスエリアによる開けた視界によって、大きな開放感が演出されるのがトッポの特徴である。
装備は低価格が設定されたMだとちょっと貧弱な部分があるが、自然吸気エンジンを搭載したモデルの中で上級グレードとなるGなら、本革巻きステアリングホイール、2DINのCD/MD付きオーディオ、ABSなどが標準となる。
全車に標準なのは、マニュアルエアコン、クリーンエアフィルター、消臭天井、UV&ヒートプロテクトガラス(Sを除く)など。またリモコンキーに運転席だけのロックを解除する機能が設定された。